En Costa Rica, los esfuerzos por lograr un correcto manejo de los fondos públicos se remontan a la época colonial, cuando se generaron una serie de disposiciones que regulaban las actuaciones de funcionarios de Gobierno. Tal es el caso de las Leyes de Indias, las cuales, en conjunto con algunas instituciones como la Residencia, la Visita y la Rendición de Cuentas, constituyen un antecedente básico del control financiero actual.
En el año 1825, como país independiente, se promulgó la 1era Ley Fundamental de Costa Rica, el Pacto Social Interino o Pacto de Concordia, en la cual se destaca la preocupación por salvaguardar el orden en el manejo de la Hacienda Pública. De ahí que se creara un Tribunal de Cuentas a cargo del Congreso, cuya función principal era ejercer un control financiero de orden político, examinando los resultados de las principales rentas que debían rendir los Jefes de Estado.
Posteriormente se emitieron diferentes decretos que organizaron y reorganizaron una Contaduría Mayor, la cual se definía como un tribunal superior de cuentas que examinaba, glosaba y fenecía las cuentas que debían rendir los administradores, tesoreros y recaudadores de fondos públicos. Este tribunal de cuentas, que en sus orígenes fue competencia del Poder Ejecutivo, sufrió diversos altibajos en el transcurso del tiempo, llegando incluso a suprimirse.
En 1922, mediante Ley No. 8 del 26 de mayo, se creó la Oficina de Control, la cual asumió las funciones de la Contaduría Mayor. Además, debía aprobar anticipadamente el presupuesto del año siguiente y ejercer el control presupuestario. Dependía también del poder Ejecutivo y tenía rango constitucional.
Esta Ley y sus reformas se derogaron mediante Ley No.200 del 6 de setiembre de 1945, cuando se creó el Centro de Control, que era una institución auxiliar del Poder Legislativo, con independencia de los demás poderes.
En 1949, la Asamblea Constituyente convocada luego de la guerra civil del año anterior y su consecuente ruptura del orden constitucional, evaluó las funciones del Centro de Control y determinó la necesidad de que existiera un órgano que vigilara permanentemente la inversión, procedencia, manejo financiero, económico y legal de los fondos públicos. Es así como como se incluyó en la Constitución Política actual un capítulo que creó a la Contraloría General de la República, entidad que tendría la finalidad de ser el freno y contrapeso legislativo en la ejecución y liquidación de presupuestos.
1950
Mediante la Ley No.1252 del 23 de diciembre de 1950, que empezó a regir el 1 de enero de 1951, se emite la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, que dio vida jurídica a la Institución. Esta Ley fue sustituida por la Ley 7428 del 7 de setiembre de 1994, la cual señala los objetivos, funciones, atribuciones, procedimientos y organización de la CGR.
1951
Comienza sus funciones la Contraloría General de la República con un presupuesto de ¢300.000 y bajo la dirección de los señores Amadeo Quirós Blanco y Rodolfo Castaing Castro, Contralor General y Subcontralor General de la República, respectivamente.

En conjunto, la Constitución Política de 1949, la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República y la Ley de la Administración Financiera de la República, emitida en 1951, conforman el principal marco legal del órgano contralor en sus inicios.
Posteriormente, se agregarían a estas leyes, entre muchas otras, la Ley General de la Administración Pública y la Ley de Contratación Administrativa y su Reglamento.